Zebín je příkladem freatomagmatického výbuchu, netvořícícho krátery, ale tufové kužele. Kopec je tvořen nahromaděním bazaltově slabě vezikulovaných a nevezikulovaných částí s převažující velikostí klastů kolem 1 cm. Ve svrchní části byly zjištěny znaky degazace. Pyroklastické uloženiny jsou prostoupeny souvislým limburgitem. Svahy Zebína pokrývá jílovitý čedičový zvětralinový plášť, nacházející se převážně na severním a severozápadním svahu s výraznými pozůstatky někdejších sesuvů. V jihozápadním svahu jsou zbytky starého lomu.